Kelemahan Pendidikan Madrasah

a. Aspek paradigma pendidikan madrasah
Salah satu aspek kelemahan pendidikan madrasah adalah paradigma pendidikan madrasah yang masih konvensional. Paradigma pendidikan madrasah cenderung ekslusif bukannya inklusif. Dari ekslusivitas ini, maka dihasilkan sistem pendidikan yang cenderung dikotomis dan eskapatis. Paradigma bahwa pendidikan agama di atas segala-galanya tidaklah salah. Namun, seorang manusia dapat hidup di dunia dengan survive dengan adanya lifeskill atau keterampilan. Pemusatan pada sentral dasar-dasar agama tidak harus mengenyampingkan ilmu-ilmu umum. Agama Islam memang agama wahyu dan memang membuka ruang multi interpretation. Pemahaman hubungan vertikal seringkali dipisahkan dengan pemahaman horizontal. Padahal menurut penulis, horizontal itu juga vertikal dalam pemahaman agama. Yang vertikal menjadi dalam dengan meluasnya garis horizontal, yang horizontal menjadi luas dengan mendalamnya garis verikal. Artinya tidak ada dikotomis antara ilmu-ilmu agama dan ilmu-ilmu umum. Nilai-nilai agama konvensional ditransformasikan ke dalam paradigma yang lebih dinamis, yang lebih rasional dan proaktif sehingga dihasilkan sumber daya manusia yang dinamis, aktif, mengamalkan nilai-nilai agama namun tetap concern dan kontributif dalam perkembangan sosial-budaya, ilmu pengetahuan dan teknologi, bukan menjadi manusia parsial dan fakultatif. Maka langkah strategis yang dilakukan adalah reorientasi paradigma pendidikan Islam.
b. Aspek perencanaan organisasi madrasah
Kelemahan lain dari pendidikan madrasah adalah kurangnya perencanaan organisasi madrasah. Diawali dari perencanaan pendirian madrasah. Sebagian besar lembaga madrasah didirikan oleh yayasan atau lembaga keagamaan, motivasi terbesarnya adalah melaksanakan dakwah Islamiah yang dapat menghasilkan peserta didik yang berilmu dan mengamalkan ilmu-ilmu agama untuk bekal di akherat nanti. Hal ini paralel dengan motivasi utama para orang tua memasukkan anaknya ke madrasah. Motivasi ibadah ini kurang disertai dengan rasionalisasi yang tepat sehingga (sebagian besar) pendirian madrasah tanpa disertai dengan persiapan yang mantap, baik dari segi regulasi, administrasi, tenaga pendidik, sarana, fasilitas, dan finansial. Selain itu, tata letak madrasah kadang terasa kurang strategis. Selain itu, kualifikasi pendidik baik secara kuantitas maupun kualitas sangat minim. Hal ini diperparah dengan kurangnya perhatian para santri terhadap ilmu-ilmu umum. Namun, sekarang ini antara Ilmu agama dan ilmu umum telah terjadi keseimbangan mengenai perhatian.
c. Aspek metodologi pembelajaran (realitas operasional) madrasah
Pembelajaran saat ini, baik di madrasah maupun sekolah umum masih cenderung doktriner. Akibat yang terjadi adalah lebih mementingkan materi di atas metodologi (manhaj), mementingkan memori di atas analisis dan dialogis. Artinya pembelajaran masih terasa tekstual dan tidak kontekstual, pembelajaran masih didominasi oleh pengetahuan kognitif dan belum begitu menyentuh ke wilayah psikomotorik. Padahal dalam Islam sendiri adanya keseimbangan antara iman, ilmu, dan amal. Selain itu, pendidikan madrasah mementingkan pikiran vertikal di atas literal. Maksudnya, pendidikan Islam hanya menyentuh aspek-aspek normatif saja, ajaran-ajaran agama diterima secara take for granted dan tidak dipermasalahkan lagi. Sehingga yang terjadi adalah pembekuan nalar kritis peserta didik.